常規賽穩定發揮，帶隊豪取37勝。
首先，那個賽季是比較特殊的，由于深陷NBA歷史最長的一次勞資糾紛，賽季直接停擺了32場比賽。不僅如此，這一年的邁克爾·喬丹第二次宣布退役，NBA又一次陷入到了群龍無首的階段，幾乎所有球隊都希望能夠成為公牛隊之后，NBA第一支拿到總冠軍的球隊。不過，當時很多球員并未選擇自律，當NBA匆忙宣布開打，并且賽程緊縮到了50場的情況下，只有少數球隊提前開始備戰，當然其中就包括了馬刺隊。
盡管只有二年級，不過鄧肯已經是NBA最為頂級的球員，新秀賽季就入選了最佳第一陣容和最佳防守第二陣容的他，在這個賽季繼續提升，不僅穩定輸送21.7分、11.4個籃板、2.4次助攻和2.5次蓋帽，而且還幫助馬刺隊拿到了當賽季最佳的37勝13負的戰績，如此耀眼的發揮之下，他不僅連續第二年入選了最佳第一陣容，而且還進入了最佳防守第一陣容，繼續收割頂級榮譽。
僅僅只輸1場，輕松從西部突圍。
到了季后賽階段，排名西部第一的馬刺隊，打得格外輕松。首輪面對排名西部第八，同時也是新生代大前鋒凱文·加內特率領的森林狼隊，兩個最偉大的21號球員，迎來了屬于他們的對決。第一場比賽，鄧肯輕松砍下26分、12個籃板和4次助攻，力壓加內特的21分、8個籃板，幫助球隊取得了勝利。第二場雖然爆冷不敵對手，但在來到了森林狼隊的主場后，馬刺隊沒有再給到他們任何的機會，第三場鄧肯主動犧牲，雖然只拿到了15分、7個籃板和7次助攻，但大衛·羅賓遜卻狂砍17分、18個籃板、7次助攻的豪華數據，外線的艾弗里·約翰遜則是24分、5個籃板和6次助攻。
到了第四場比賽，則是全隊多點開花，5人得分上雙的情況下，他們最終以3：1的總比分擊敗森林狼隊，晉級到了西部半決賽。
當然了，首輪的鄧肯數據并沒有出色，但到了次輪面對湖人隊，鄧肯徹底迎來了爆發。收場湖人這邊科比·布萊恩特、沙奎爾·奧尼爾和格倫·萊斯紛紛砍下21分，但鄧肯卻用25分、7個籃板、3次助攻和6次蓋帽的驚人表現，化解了對手的攻勢，拿下了勝利。緊接著他又在第二場砍下21分、8個籃板，和羅賓遜一同限制住了奧尼爾，繼續贏下了比賽。
第三場奔赴湖人隊主場，鄧肯狂攬37分、14個籃板、4次助攻和3次搶斷的豪華數據，打爆了湖人隊的內線。雖然第四場比賽，奧尼爾拿下了36分、14個籃板，但鄧肯卻用33分、14個籃板和4次助攻做出回應，最終馬刺隊橫掃了湖人隊，繼續晉級到了西部決賽。
最后就是西部決賽了，這一次的對手，是主打防守的開拓者隊，所以雙方的對決也是稍顯沉悶，四場比賽下來，沒有任何球隊的得分能夠超百。第一場鄧肯拿下了21分、13個籃板、3次助攻和5次蓋帽，成功擊敗了對手。第二場則更加焦灼，鄧肯再次砍下23分、10個籃板和5次蓋帽，馬刺僅僅以1分的微弱優勢，保住了第二個主場。不過令人沒有想到的是，第三場鄧肯雖然深陷犯規危機，只拿到了5分、8個籃板，但馬刺其余球員的發揮卻相當出色，開拓者這邊除了拉希德·華萊士拿到了22分之外，其余球員狀態全無，馬刺直接迎來了22分的大勝。
總比分3：0領先的情況下，馬刺在第四場越戰越勇，鄧肯雖然只拿到了18分、8個籃板和4次助攻，但羅賓遜也有20分、10個籃板的貢獻，加上還有3人得分上雙，他們成功橫掃了開拓者隊，第一次來到了總決賽的舞臺。
紳士橫掃尼克斯，馬刺成功登頂NBA。
來到了總決賽的舞臺，這一次的對手是一路黑八晉級的尼克斯隊，事實上雙方在開打之前，媒體和球迷基本都一邊倒認為馬刺隊將會拿下系列賽，畢竟雙方的陣容差距確實明顯。況且，馬刺隊在總決賽尚未開始前，直接取得了10連勝，狀態相當夸張。而且，尼克斯隊這邊的中鋒帕特里克·尤因，因為傷病的原因，總決賽甚至都無法出戰，這直接讓馬刺隊的內線優勢無限放大。結果就是，第一場鄧肯狂砍33分、16個籃板，第二場又是獨得25分、15個籃板和4次蓋帽，完全打爆了尼克斯隊的內線。
倘若不是第三場，阿蘭·休斯頓和拉特利爾·斯普雷維爾合砍58分，尼克斯很大概率會被馬刺隊橫掃。到了第四場，鄧肯狀態復蘇，又砍下了28分、18個籃板和3次蓋帽，加上最后一場的31分、9個籃板和2次助攻，馬刺隊成功紳士橫掃了尼克斯隊，拿到了隊史的第一座總冠軍。而年僅23歲，只有二年級的鄧肯也是榮獲了這一年的FMVP，創造了屬于自己的歷史。
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